【评测】CRISPR/Cas9基因编辑系统

CRISPR/Cas9曾经成为最常用的基因编辑系统。CRISPR/Cas9包含2部分：Cas9核酸内切酶和sgRNA(single guide RNA)，sgRNA由自然的tracrRNA (transactivating crRNA)和crRNA (CRISPR RNA)融合而来。

运用CRISPR/Cas9工具中止基因敲除等基因编辑时，首先要中止sgRNA设计。 理论上只需依据PAM序列(SpCas9辨认的最佳PAM是5-NGG-3)对所需靶向的物种基因组中止扫描，即可设计一切可能的sgRNA。 但如何设计合理有效的sgRNA则需求谨慎思索，由于这将决议其基因编辑结果。

随着近年来研讨的不时深化，研讨者对CRISPR/Cas9系统机制已有十分全面的了解。这些研讨结果也促进了大量的sgRNA设计工具的呈现[1,3]，从而给研讨者提供了快速、高效的sgRNA设计选择。 sgRNA的5’包含20nt的protospacer序列，该序列和靶向DNA序列互补以完成双链切割；其3’则为固定的一段具有茎环(stem-loop)结构的支架序列(scaffold sequence)，该序列和Cas9蛋白带正电的凹槽相互作用构成核糖核蛋白复合物(ribonucleoprotein complex, RNP)。普通sgRNA序列大多指20nt的protospacer序列。 大部分的sgRNA设计工具，除展示设计序列外，主要包含效率和特异性评价，并给出参考评价分值。而不同工具所基于的数据和算法，招致给出特异性和效率结果可能不同。由于sgRNA特异性主要取决于能否存在潜在的错配序列，不同工具间结果分歧性常常较高；但是关于效率预测，目前并没有十分红熟的预测工具，研讨者运用时需求谨慎参考。

在工具设计页面上，不同的工具偏重点不同。很多工具提供不同的物种基因组序列，可运用基因ID直接取得sgRNA；或者经过输入候选序列中止sgRNA设计。并且大都能提供多种CRISPR/Cas系统以供设计。

IDT---合成生物学范畴的引领者

Integrated DNA Technologies （以下简称“IDT”） 引领生命科学研讨 30 余年，研发和消费众多核酸产品，往常绝对是行业的佼佼者，那么深得客户信任的IDT是如何做到高掩盖度，高均一性，高捕获率的“三高”呢！今天小编就带您就来了解下它的中心。

IDT---合成生物学范畴的引领者

美国IDT公司，总部位于美国爱荷华州科勒尔维尔，成立于 1987年，是基因组学范畴开发的抢先者，也是公认的定制核酸消费行业的指导者。下图是IDT从成立至今的严重事情图鉴（蓝色是资本并购，橙色是技术产品改造）。

历经三十年的开疆拓土，各种资本与技术并购，IDT以Oligos（寡核苷酸）的合成作为中心技术，为基因组学应用开发了专有技术，主要分为四大块，下一代测序NGS、PCR引物探针、CRISPR 基因组编辑所用到的功用蛋白，模板DNA，导游RNA等、基因片段的合成。经过 GMP 效劳，IDT的产品被科学家用于研讨多种癌症以及大多数遗传性和传染性疾病。

IDT作为全世界最大的Oligo合成供给商，IDT目前全球散布有5大工厂，具有世界性的规划。为100多个国度和地域的超越120,000名生命科学研讨人员提供效劳，每天消费70,000多条核酸产品。

IDT的合成Oligo仰仗其高质量规范遭到全世界科研者的喜欢。IDT 采用合成柱法的方式单独合成每条Oligo，在每个碱基耦合的过程中触及到一个“偶联效率”的概念，培育了超高的合成精度。同时IDT合成的高质量不是说出来的，严谨的质控更是将产质量量拿捏的死死的，每条Oligo经过ESI-MS(电喷雾质谱)质谱的方式，让错误的Oligo无所遁形，并且每一个经过质检的oligo都有一个质控讲演，也为后期IVD客户做申报工作提供了极大的方便。

IDT 具有专有合成平台，消费工艺中的大部分环节都由内部设计和开发，包含特地的合成器和高通量自动化系统，前者能够满足最苛刻的定制请求，后者可确保快速托付。同时，IDT不依赖第三方制造商提供合成所用的机器和化学试剂，因而能够依据需求轻松调整设备和试剂。我们托付给客户的每一条探针都经过ESI-MS的把关，保障消费出质量上乘、分歧性出色的寡核苷酸。

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